Jedy a drogy jsou v Narutovi velmi často používanou zbraní. Jedy přímo v boji používají třeba ninjové loutkáři, v jejichž loutkách je velké množství ruzných druhů jedovatých zbraní. Jedy také používají lékařští ninjové. Nejznámějšími odborníky na jedy a protijedy jsou v Narutu Tsunade, Sakura a Chiyo. Velmi často se v Narutovi také vyskytují drogy, které se dávají do jídla a mají různé účinky. Některé způsobují např.smích, ale na vyšší úrovni mohou zablokovat ninjovy schopnosti. Jedy a drogy jsou buď v kapalné nebo plynné formě.